1、水库出现老化严重，效益差

在我国许多地区小型水库均建在七，八十年代，由于受当时社会经济条件制约，设计标准较低，大都已到年限，出现老化现象，尤其是北方地区，更为普遍。

2、管理技术落后，工作人员素质较差

水型水库管理技术水平尚未成熟，部分地区管理技术相对落后，还没有实现现代化的管理手段，许多中小型水库没有实现计算机自动化管理。水库管理人员素质相对较低。这就导致水库管理出现许多问题，当前我国水库管理技术主要问题有：

（1）部分地区小型水库缺乏观测设备，有的水库观测项目不够齐全，观测资料也比较混乱，没有形成系统的资料管理机制。

（2）缺乏合理的管理体制，未形成好的规章制度。

3、运行机制差、管理资金不足

由于管理运行机制不够完善，所以水库的经济效益十分有限，而且经济方面的权利关系又混淆不清，没有形成系统的管理机制，又缺少其它经济来源，大多只能是依靠灌区的水费收入，然而水费收入非常有限，所以导致水库的管理资金严重不足，进而造成水库老化与水库管理工作不到位的现象发生，加之由于薪水问题导致了很多人才流失。有些多沙河流水库，不进行排沙、减淤，只求拦蓄径流、蓄水养鱼，以求增加收入。这种情况在我国的大部分地区均有出现，已经成为水库管理工作难以处理的问题。

4、工程管理收费难

随着市场经济的发展，农村体制、经济体系变化很大，水利工程管理单位的职能随之发生较大变化。用水对象也由农杓集体单位变成农户个体，并要依靠收取水费来维持水库运行管理的维护费用。要向早已习惯于无偿供水的农户们收取水费或是派工对工程进行维护难以成行，再加之水库管理体制较混乱，个别水库无人管护，有些水库设施人为的遭受破坏，这样导致水库工程效益难以得到发挥。

5、交通、通讯难

小型水库大部分建在山区，而且离交通干线比较远，又由于当时建库进库道路的路面狭窄以及洼坑起伏不平、多弯坡陡。再经过多年的使用，有些水库的原有道路通车受阻甚至不能通行，既便是通车，如遭遇到阴天下雨，路面湿滑与泥泞，边坡塌方，车辆通行困难。当前多数小型水库通讯设施较缺乏。若水库出现险情，交通与通讯不通畅，就会耽误抢险时间，后果不堪设想。