1.质量管理问题

工程单位的生存和发展无法离开质量，使用者对质量的认可是衡量一项工程成败与否的关键，因此，在水利工程的施工之中，应该将建设的质量和数量、规模处于同等重要的位置之上，我国目前的施工过程中，主要含有以下几个缺陷。首先，没有进行适宜的设计，在项目得到立项之前，就应该及时聘请专家对该项目进行论证，了解项目的可行性，将建设不适宜的问题尽量避免，使用民办公助等方式实施水利工程建设。建设资金较少，存在因陋就简等不合理意识，我国水利部门已经完善了相关行业规范、技术标准和法律法规，但是很多水利单位和个人没有将要求落实到实处。第二，没有完善的监控措施，很多基层的水利部门没有建设质量保证体系，没有完善的质量监控措施，尤其是一些施工单位没有形成思想理念，很多小型工程的质量监控多使用目测的方式，缺乏引进先进的仪器和监测设备，人才断层严重，在质量监控的实施过程中缺乏权威性。

2．施工合同管理问题

（1）招标不够规范。随着“三制”改革的深入开展，水利工程建设市场不断向规范化的方向发展，但是因为施工合同双方存在着利益矛盾，在合同中有明确的体现，例如，在一些工程招标的过程中，很容易对承包人提出十分苛刻的条件，使承包人不断压价，造成十分严重的额外负担，甚至使中标价格不断压低，造成承包人十分严重的经济损失，同时，一些承包人为了使中标率水平不断提高，进行联合投标，甚至产生串通等现象，使中标价格不断提高，形成恶性竞争，不利于建设市场的良性发展，使管理水平和施工力量较好的承包人无法中标，项目不能够有效实施，无法准确保证工程质量，造成施工合同管理水平下降。

（2）很多内部缺乏对管理重要性的认识水平，很大程度上存在着只重视建设而轻视管理的思想，在我国近几年经济发展的过程中，只重视对成本的增加，但是在进行基础设施建设的时候，没有对提高管理水平的重视，导致没有对权利和责任进行明确的划分，水利工程大部分为综合开发、综合利用工程。公益性工程和经营性工程合在一起，公益性资产和经营性资产界定不清，无法自主经营，需要国家财政进行相应的补贴，很多进行多种经营，因为和施工具有多种联系，自身没有法人资格，不能独立经营、自负盈亏，实现预定的化运行管理目标的外部条件和内部囚素都不具备．运行机制无法按现代制度运作。部分水管单位责任主体不明晰。一些水利工程部门在管理的过程中没有实施严格的分级管理措施，无法对有限的水资源进行统一调度和优化配置，一些水利行政管理部门只具有业务管理的权限，却无法进行人事管理，造成了只管事不管人的局面，一些水管单位和水利设施单位的管理无法有效实施。