合流制排水系统是将城市生活污水、工业废水和降水全部送往污水处理厂进行处理，较好的控制了水体污染，但污水处理厂的容量增加很多，建设费用相应增高。晴天时污水在合流制管道内只是不分流，雨天时才接近满管流，因而晴天时合流制管内流速较低，易产生沉淀。晴天和雨天流入污水处理厂的水量变化很大，增加了合流制排水系统污水处理厂运行管理的复杂性。
分流制排水系统是将城市污水送往污水处理厂进行处理，减小了污水处理厂的规模和建设费用，但初雨径流未加处理就直接排入水体，对城市水体会造成污染。但分流制排水系统可以保持管内的流速，不致发生沉淀，同时流入污水处理厂的水量和水质比合流制变化小很多，污水处理厂的运行易于控制。
