工程决算和竣工决算是从不同的侧面对建设单位在项目管理过程中费用支出情况的反映，是对项目建设成果的反映。但两者之间存在着一定的差异。
工程决算是从工程管理的角度出发，侧重于工程实体形成过程中“量”、“价”、“费”的分析，以建安工程费用为重点，以签定的合同为基础，以实施工程量、合同单价及合同相关条款为核算依据，同时反映工程管理过程中量的变化引起的费用变化和非量变化引起的费用变化，最终形成以建设项目的费用构成为表现形式并反映项目分部、分项工程的工程量大小以及综合单价的高低。在编制过程中侧重于对计价依据执行情况的考核，能够确定费用支出的必要性和合理性，因此它不仅是对项目实际造价的反映，同时也是规范工程管理过程、提高管理水平的一个重要手段，并且完善了以“量”、“价”、“费”为主线的估、概、预、决算体系。
竣工决算则是从财务管理的角度出发，侧重于对资金的流向、大小和在时间上分布的分析，以现行的财税制度为依据，通过对资金的流动情况为重点进行分析，形成符合基本建设财务管理办法的科目体系，来反映竣工工程从开始建设起至竣工为止的全部资金来源和运用情况，达到核定使用资产价值的目的。由于它侧重于对财务制度执行情况的反映，能够确定资金流动的真实性和合法性，是办理资产交付使用手续的依据。
作为工程建设过程中缺一不可的两个管理体系—工程管理和财务管理，是紧密联系、相互制约的，那么同为对管理成果的直接反映，工程决算和竣工决算也是相辅相成的。工程决算是在基础数据表所反映的内容的基础上对工程管理过程的监督，在一定程度上满足了工程管理人员对有关造价信息的需求，也是编制竣工决算的基础和依据。而竣工决算是通过对财务管理过程中日常费用支出的监督检查，达到规范管理的目的，同时也是对工程决算的归纳和总结。
