（1）我国小型农田水利工程老龄化。我国建设初期建造的小型农田水利工程，因建设时间久远、运作时间较长，现有的小型农田水利都逐渐开始出现老龄化。当时的经济条件、技术设施不发达，导致兴建的小型农田水利工程逐渐出现严重的质量问题。
（2）设计者缺乏经验，工作人员互相之间配合差。在小型农田水利工程规划设计的前期，许多规划设计者的研究都不够仔细，没有实地考察，严重缺乏经验。有时在小型农田水利工程的建设中，各部门的工作人员也不能很好的沟通配合，这使本来就没有合理规划的小型农田水利工程的前进道路更加崎岖。整个小型农田水利工程在实施过程中都存在着很大的盲目性和随意性。
（3）现有小型农田水利工程分配不均。随着我国人口的急速上升，对粮食的需求也越来越大，粮食的产量大就要有更多更加完善的小型农田水利工程，但是我国在兴建小型农田水利工程时没有做好深入的调查和研究，不能很好的统筹规划，导致我国现在有些地方小型农田水利工程始终得不到发展。
没有足够的水利设施，也导致有的地方农田灌溉面积只能达到整个农田面积的一半，有的地方农田却因雨水过多无法及时把水排出田外，水少引不进来、水多排不出去的状况同时存在，使粮食产量无法增长。
