最初，因建设工程合同的主体是发包人和承包人，合同主体双方均为法人。承包人垫资进场施工，其性质被认定企业法人之间的违规拆借资金行为。1996年，建设部、国家计委、财政部也曾联合发文《关于严格禁止在工程建设中带资承包的通知》（以下简称《通知》），禁止建设单位垫资施工。因此，建设工程合同中的垫资条款在司法实践中往往认定为无效。

但在发展经济的时代大背景下，1999年颁布的《合同法》更加侧重鼓励个人、企业之间的交易，不轻易否定合同效力。《合同法》第五十二条规定，必须是违反法律、行政法规的强制性规定的才能被认定为合同无效。随后出台的《合同法解释》第四条也明确规定，人民法院确认合同无效不得以地方性法规、行政规章为依据。据此，《通知》作为部门规章之下的一个规范性文件，不属于法律或行政法规，也不能成为认定垫资的建设工程合同无效的法律依据。

根据最高院于2005年1月1日起施行的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》中第六条规定：当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。这一条款被最高院定义为“垫资原则按照有效处理”的性质，也使得人民法院在审理垫资施工案件中有了明确规定，统一了裁判标准，维护了司法权威。

笔者认为，建设工程合同的垫资条款应当按照有效处理，特殊情况除外。首先，在司法实践中，大量的拖欠工程款案件正是由于承包人自己先行垫付材料款造成的。其次，根据意思自治原则，发包人和承包人就垫资施工达成合意，系其双方之间的双方自愿行为，法律不应过多干涉。再次，垫资的建设工程合同有别于企业之间的借贷行为。垫资施工往往是承包人自己先行垫资、包工包料进场施工，并没有将资金直接交付于发包人，而是将垫资款物化于建设工程之中。根据现有法律规定及在实际的操作层面，也是将建设工程合同的垫资条款区别于企业间的借贷合同。此外，承揽合同中尚且允许承揽人自己提供材料对定作物进行加工，那么建设工程合同作为一种特殊的承揽合同，也可以允许承包人包工包料，垫资进场施工。

当然，如若建设工程合同的垫资条款有违背法律、行政法规的其他情形，也可以认定为无效。比如，承包人将垫资施工作为优惠条件吸引发包人，从而排挤其他竞争对手。在办理具体案件时，承办法官应当认真审查该垫资行为是否构成不正当竞争，是否违背公开、公平、公正的原则。

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