1.工程建设盲目、随意，建设标准偏低，建设质量低下。政府在建设过程中没有统筹兼顾工程技术、合理开发和社会经济效益等诸多方面，很多小型水库建设于上个世纪，排灌建设标准低，后期存在灌溉涵管漏水，但政府并未着力整修，从根本上解决漏水问题，使很多水利设施成为摆设，并没有真正发挥其补旱排涝作用。
2.工程建设存在重复建设、烂尾工程，并伴随很多工程纠纷。各地政符为完成经济发展指标，提高当地GDP水平，满足政绩考核需要，往往在缺乏全面考虑的情况下盲目重复修建小型水利工程，引致耗费大、效率低、劳民伤财等诸多问题，同时由于缺乏规划、管理无序，工程修建过程中缺乏专家论证与政府专员的全程监督管理，很多水利工程建设一度陷入停滞，无人过问。
3.工程建设缺乏农民群众支持。随着我国社会主义市场经济的不断发展，特别是迈入21世纪我国加入WTO以后，我国农业产业逐渐与国际接轨，粮食产业收到国际低价的不断冲击，我国农民的利益收到一定损害，农民增收缓慢，同时城市化的不断推进使得大量农民涌向城市，农业青壮年劳动力大量缩减，更加剧了农民从事农业生产的水平和积极性下降，在这种情况下，水利工程建设的群众基础不足，广大农民群众兴办水利积极性下降。
4.政府水利建设意识淡漠，水利建设投入不足。新中国成立特别是改革开放以来，国家着眼于对大项目大工程的投资建设，而忽视了小型地方基础设施的投资建设，部分地方乡镇政府无视农村客观现实，进行的各种超前建设和达标活动等，加大了乡镇政府的财政负担。基层政府没有将有限公共资源用于当地农业经济发展最需要的基础设施，而是基于自身利益的考虑，不愿进行耗资多，短期效益不明显的农村基础设施建设，导致农田水利等农村基础设施地位缺失，影响农村水利建设工程的实施。
