在管理过程中存在的问题可以分为以下几个方面：
1）资金不足，管理难度较大。农田水利工程在建设过程中，其投入的资金大致分为两个部分，一部分是来自国家补贴，另一部分则是有群众以及乡镇等筹集而来，绝大多数都无法以现金的形式出现，并且在建设过程中，会计人员会根据材料和工人的薪资与投入的资金相互抵销，这就导致水利工程因资金不足而无法全面的管理，水利工程也就无法提高其经济效益。
2）小型水利工程不如大型水利工程建设那般，可以很快见到社会经济效益与收益，因此在小型水利工程进行招投标及竣工的过程中存在着较大的难度。农田水利工程的建设资金是由国家补贴以及政府与群众筹集而获得的，在工程建设过程中，除开国家能够保证资金到位之外，地方政府与群众所筹集的资金一般很难到位，再加上其资金一般都是当工程建设完毕之后采取抵销的方式进行资金的投入，这就加大了工程在建设过程中的资金流通。此时往往因为资金的缺乏而无法购买较好的材料与设备，无法保证水利工程的施工质量，不利于后期技术人员的管理。
3）农田水利工程的施工阶段降低了政府部门对其建设的监管力度。在农田水利工程建设过程中，我国水利部门的主要工作也就是采用当前现行的相关法律制度以及相关建设标准来对其进行全面监管，保证水利工程的施工质量，加强水利工程的监管工作。但是目前，很多水利部门直接参与到水利工程的建设当中，而没有充分发挥其监管作用，最终无法有效的提高工程的施工质量，降低了其使用价值。
