站在水利工程的角度来看，水利工程本身是一个有机整体，其项目各个阶段都是不可分割的。如水利工程施工结束，不代表工程建设周期结束，其运转的过程是其工程建设项目的延续，而运行阶段也是其工程真正发挥有利效用的阶段，在这个过程中，要想发挥好水利工程各个项目的效益能力，只有让水利工程建设管理与水利工程运行管理相结合，才能实现其目的。
水利工程运行管理是水利工程整体管理工作中最为关键的一个环节，但在如今的市场经济体制改革发展下，此行业很多地方只重视建设，不注重管理。水利工程项目要把水利工程当成一个整体来看，将运行、建设这两个阶段放在一块进行集中管理，这样有利于实现水利工程项目在建设、研究、设计等阶段中其建设管理与运行管理的相互结合，将运行管理工作的重要性放到与建设管理的同一层次。
一、水利工程建设存在的问题
1、工程质量不高。大多数水利工程都是小型施工队承建，受限于施工设备以及人员的水平，这会对水利工程的质量带来隐患。另外，基层的水利工程很少有健全的质量保证体系，例如检测手段落后，工程质量的相关保障措施不够，这些都不利于水利工程的质量保证。还有些水利工程在工程施工的时候缺少一定的监理措施，完成施工后，没有按照起水利工程质量验收管理制度去验收其质量，综上几点，都会影响到最终的水利工程质量。2、设计考虑不当。近几年，很多水利工程在投入使用之后，经常处于超载运行的状态当中。主要是因为现今的大多数水利工程都是在以往的水利设施上建立起来的，在工程设计的过程中，没有实际考虑到能否为其带来一定的社会效益，有些设计者甚至没有合理地规划好水利工程的使用区域。3、统筹性不强。水资源分布有面广、线长等特点，在水利工程的设计规划当中，需要考虑其能否横跨多行政区域。可在规划水利工程建设的实际过程中，不同的行政区域都有自己的利益考量，各方不能统一规划好全局，这在一定程度上会对工程的建设造成浪费。另外，同一水利工程往往有多个工程建设单位进行施工，在工程的标准、规划上不能做到统一，这也是水利工程建设的不利因素之一。
二、水利工程运行管理存在的问题
1、缺乏管理意识。国内增加了相关水利工程的资金投入，但对项目后期的维护管理还不够重视。许多项目在施工阶段可以提供充足的资金保障，可在项目后期的运营和管理阶段却没有相应的支持，这对水利工程在运行管理阶段的正常维护没有良好的保证。2、专业水平不高。在水利工程运行中，很多管理人员在上岗前都没有经过相关培训，普遍有专业知识不足、技术水平不高的问题存在。管理人员无法跟上时代的步伐，无法运用好现今的水利工程的管理技术和理念，是直接导致水利工程的运行管理水平长期处于一个比较低的层次的原因之一。3、运行管理体制不健全。如今国内农村的经济体制改革快速发展，水利工程在运行管理上却不能与时俱进，具体表现在三个方面：①运行管理资金缺乏；②水利设施老化严重；③运行管理体制不健全。从整体的角度上看，这严重影响到了我国农村生产与经济的发展水平。
三、水利工程建设和水利工程管理措施
1、建立健全的规章制度。只有建立健全的建设与管理相结合的整体运行机制，建立完善的规章制度，水利部门才能为其建管合一的模式指明道路，提升其处理紧急事件问题的能力，才能实现水利工程建设和水利工运行管理的有机结合。另外，只有完善好相关的规章制度，水利工程建设才能与水利工程运行管理互相作用。在这个过程中，水利工程项目中的设备应用、人手配置、资金支持都要满足其实际需求。2、加强水利工程运行与建设阶段的有机结合。水利工程的运行管理单位参加验收工作，参与其相关现场的安装、实施、调试等工作，可以有效熟悉其操作技能、掌握相关设备信息，能够为工程设备的后期稳定运行打下良好的基础。另外，在这个过程中，还能及时发现并解决隐蔽工程的一些安全隐患，在工程完工前能做到消除潜在隐患。水利工程的运行管理单位参与工程建设工作时，要多角度、全方位地参与建设过程，设身处地为最终用户着想，这有利于消除工程上的缺陷，控制其水利工程的质量水平，在一定程度上能够减少水利工程运行阶段的工作量，还能促进其工程的良好运行，甚至减少一些运行管理费用。3、建立高水准的工程管理队伍。第一，完善激励机制，要利用好奖惩制度激发工程相关人员的主动性、积极性，让员工自身不断地去学习、更新自己的专业能力、水平技术，这有利于加速发展现代化的水利工程管理。第二，要以人为本，对工程人员需人性化管理，刚柔并济的制度管理措施才能真正促使工程人员的自我责任意识觉醒，提高自身的责任感。
综上所述，水利工程建设与水利工程的运行管理需要有机结合起来，站在水利工程建设与水利工程运行管理现状的角度来看，我们应当抛弃自己固有的传统管理理念，转换水利工程建设与水利工程运行的管理模式，在这个基础上，建立完善的规章制度,有机结合水利工程建设及其运行管理，才能做到水利工程上的“建管结合、无缝交接”。
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