尚待深入研究的问题及决策程序包括以下几个步骤：

1.拟定指标

根据所研究对象的范围（空问、时间、问题的侧重点等），现有的人力、物力、政策、资料和其它条件拟定初步方案，确立要达到的基本目标（社会目标、经济目标、生态目标）的初步设想及松驰范围。

2.本底调查

收集：

（1）自然本底；

（2）次生本底；

（3）社会经济状况；

（4）生态环境状况的资料。数据调查时要兼顾到社会生活的各个领域，要有基本的物理学类别（物质、能量、信息）、动态学类别（率变量、结构变量、时空动态）和控制论类别〔主动的、被动的、具阈限值的、不可控的、具有正（负）反馈趋势的等〕、从一大堆庞杂的数据中去粗取精，去伪存真，抽象出与研究项目有关、信息量尽量大而数目又尽量小的变量集或关键因子集来。

3．系统分析及摸拟

包括建立模型、系统评价及决策分析等过程。模型是现实复杂系统的抽象、简化和模仿。

通常有三类模型：即静态的描述性模型，动态的预测型模型及最优化的控制性模型。一般说来，构模过程一半是经验的思维、设计过程，一半是数学的模拟、调试过程，通过现实数据、基木理论和人的大脑之间不断的信息反馈，揭示出系统组分之间，以及各亚系统之间相互关系的基本规律。各亚系统之间的关系通常考虑以下几个方面：

土壤一植物一大气亚系统的物质循环；

资源开拓一经济发展一环境质量间的关系；

农业一工业一商业建设的协调比例；

生产一加工一消费的平衡系统；

废物回收一转化一再生数量的协调与分配等。

可以根据不同的系统评价目标，构造不同的模型。如影响指标模型（各变量之间的相互作用强度，即哪些是起关键作用的变量，哪些是起缓冲作用的变量，哪些是专门影响其它组分的“源”变量，哪些是只受其它组分影响的“汇”变量等），流通量模型（各子系统间物质、能量的流动规律），系统负担模型（由于各子系统间不合理的流通量给生态系统带来的潜在压力和不可逆性变化等）、敏感性模型（对外部及内部各环节及参数变化的灵敏度和恢复平衡的能力），反馈关系模型（正、负反馈的作用方向、强度及优势度）等。通过对这些模型定性定量输出的分析，可以对复合系统的行为特征和发展趋势有一生物控制论的评价。

系统模型提供了系统状态的静态和动态表述，这给决策分析提供了基础和依据。决策分析的目的是向决策、规划和管理部门提供各种不同情况下社会一经济一自然生态系统的综合对策，使得社会效益、经济效益、生态效益最高，系统恶化的风险最小，存活进化的机会最大。并通过政策模拟试验和灵敏度分析，确定不同方案下各种对策的“满意度”（各种效益、机会的模拟值与容许值之差）及“后悔值”（各种损失、风险的模拟值与容许值之差），再结合规划、管理、决策部门的具体要求和偏向，选择一批满意度较高、后悔值较低的对策，并转换成经济生态学措施和管理决策的计算机软件包，作为制定政策的依据。