主要有水生物影响与陆生物影响两个方面。其中，水生物影响主要是因为河道水体状态改变，引起水生物栖息环境发生变化，导致库区内的鱼类组成发生改变。例如，水利工程建设后，水流速度变缓、泥沙沉积、饵料增多，促使喜欢静水状态水生物进行栖息繁衍。同时，会阻断洄游性鱼类的回游，影响其繁衍，这在一定程度上导致了某些水生物的生活条件，出现部分水生物数量骤减。陆生物的影响主要是因为河道水流变化导致河岸周围的生态环境发生变化，森林、草场退化，导致陆生物的生存环境消失，迫使陆地生物进行迁徙。这种迁徙既在动物身上有所表现，也在人类身上有所表现。
水利工程建设下的环境保护措施
建立生态环境保护机制
要想实现对水利工程生态环境的有效保护，就必须先建立起生态环境保护机制，以此为指导来对水利工程建设的生态环境保护目标实现予以支持。在水利工程建设之前，相关单位要对水利工程建设的实际需求、规模以及其对周边生态环境所带来的影响进行充分的调查、分析和评价，预测出可能会对生态环境造成破坏的行为及其程度，并以此为基础制定出相应的解决方法，为生态化水利工程建设提供基础支持。
落实生态环境保护工作
在制定出良好的生态水利工程机制后，施工企业就可以开始水利工程建设。在建设过程中，为确保水利工程建设行为能够符合生态水利工程建设的计划目标，施工企业必须要将生态环境保护工作予以落实，实现水利工程建设与生态环境保护相结合，做到“两手共抓、实现双赢”。首先，施工企业要坚持以生态环境保护为理念，对水利工程进行建设，确保水利工程能够得以建设的同时，为植物生长、动物栖息以及鱼鸟繁衍提供良好环境。其次，在工程建设时，要尽量选择生态效果好的方案，并选用环保节能材料，避免对周围生态环境造成污染。再次，要坚持以生态环境美作为水利工程景观改善基础要求，实现对与周围生态环境相符的水利工程美化建设。最后，要建立起水利工程生态环境影响监测评价体系，实现对水利工程环境跟踪评价，实现对水利工程周围生态环境的全方位保护。
积极开展生态补偿措施
从当前的水利工程建设水平来看，即使水利工程的建设再好，还是不可避免地会对生态环境造成不利影响。因此，在完成水利工程建设后，必须要建立起生态补偿机制，以实现对水利工程生态环境的补救。从水利工程周边主体的生物类别角度分析，生态补偿措施主要可以分为以下两个方面。2.3.1水生物补偿水生生物补偿主要可以从5个方面入手：对影响农业生产、鱼类繁殖的下泄低温水，要进行分层取水和水温恢复措施；根据生产、生活、生态需求，考虑生态、经济、环境综合效益，对最低生态流量予以确定，建设泄水建筑物；对鱼类繁殖条件不足的情况，可进行人工增殖与放流，并进行跟踪检测；根据鱼类资源特点建设鱼闸、鱼道升鱼机等过鱼设施；建立自然保护区，加强渔政管理，明确规划禁渔区和禁渔期。2.3.2陆生物补偿陆路生物补偿措施主要有以下几个方面：对破坏植被区进行植被恢复与绿化建设；加强对珍贵树木的保护，做好名木古树的移栽、引种繁栽，并进登记造册挂牌保护；为珍惜动物构建良好生态区域，对于需迁徙动物，要预留迁徙通道，并加大对其管理保护措施；根据河道水利工程周边实际生态环境，制定水土保持制度，研究水土保持措施，实现对周边水土状态的保护。
综上所述，生态环境保护既是实现人与自然和谐相处的重要途径，也是构建人类生存美好家园的唯一措施。因此，在建设水利工程环节中，必须做好对生态环境保护观念的融入。为了确保生态环境保护观念融入的有效性，相关工作人员必须要做好对水利工程建设地实际情况的分析，确保在掌握当地实际生态环境表现的基础上来开展生态水利工程建设，在完成水利工程建设的基础上，实现对周边生态环境的有效保护，为良好生态环境的构建提供支持。
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