根据《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发〔2009〕31号）规定，房地产开发产品计税成本支出的内容主要包括：土地征用费及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施建设费、公共配套设施费和开发间接费六项。根据《土地增值税暂行条例实施细则》规定，在计算土地增值税的扣除项目开发成本时，也有基本相同的内容，即土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费和开发间接费用。二者虽表述相同，但在企业所得税与土地增值税中，开发成本的处理仍有区别。
1.对土地征用费及拆迁补偿费处理，二者有区别。企业所得税中，该项费用是指为取得土地开发使用权（或开发权）而发生的各项费用，主要包括土地买价或出让金、市政配套费、契税、耕地占用税、土地使用费、土地闲置费、土地变更用途和超面积补交的地价及相关税费、拆迁补偿支出、安置及动迁支出、回迁房建造支出、农作物补偿费、危房补偿费等。而在土地增值税中，此项费用包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等，不包含取得土地使用权所支付的金额。就是说，二者差异的项目，在土地增值税中，都应作为取得土地使用权所支付的价款处理。
2.对前期工程费的处理，二者一致。企业所得税中，前期工程费是指项目开发前期发生的水文地质勘察、测绘、规划、设计、可行性研究、筹建、场地通平等前期费用，土地增值税中的费用项目与之相同。因此，二者的业务处理没有区别。
3.建筑安装工程费的范围和内容，二者相同。企业所得税中，该项费用是指开发项目开发过程中发生的各项建筑安装费用。主要包括开发项目建筑工程费和开发项目安装工程费等。土地增值税中的建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费、以自营方式发生的建筑安装工程费。虽然前者特别规定了建筑费用和安装费用，后者特别规定了承包方式和自营方式，但二者的范围和内容完全相同。
4.基础设施建设费，都允许在税前扣除。企业所得税中，该项费用是指开发项目在开发过程中所发生的各项基础设施支出，主要包括开发项目内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通信、照明等社区管网工程费和环境卫生、园林绿化等园林环境工程费，土地增值税中的费用项目与之相同。虽然前者强调是开发项目内发生的费用，后者强调是开发小区内的费用，但无论哪种，都允许按受益对象合理分摊，在企业所得税和土地增值税税前扣除。
5.对公共配套设施费的处理，二者有区别。企业所得税中，该项费用是指开发项目内发生的、独立的、非营利性的，且产权属于全体业主的，或无偿赠与地方政府、政府公用事业单位的公共配套设施支出。在土地增值税中，还包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。二者的区别是，企业所得税对此有限制条件，即必须是“独立的、非营利性的，且产权属于全体业主的，或无偿赠与”的公共配套设施费，而对于“营利性的，或产权归企业所有的，或未明确产权归属的，或无偿赠与地方政府、公用事业单位以外其他单位的”，则应单独核算其成本。除企业自用应按固定资产进行处理外，其余一律按开发产品进行处理。
土地增值税对上述规定作了补充，国家税务总局《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）规定，房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的公共设施，按以下原则处理：建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
6.对开发间接费的处理，二者有区别。企业所得税中，该项费用是指企业为直接组织和管理开发项目所发生的，且不能将其归属于特定成本对象的成本费用性支出，主要包括管理人员工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、工程管理费、周转房摊销以及项目营销设施建造费等。和土地增值税中的开发间接费用相比，前者比后者多了工程管理费和营销设施建造费。税法规定，工程管理费符合土地增值税间接费用范围，可以作为扣除项目。而营销设施建造费能否作为扣除项目，需要税务机关进一步明确。
7.预提费用和利息费用的处理，二者有区别。国税发〔2009〕31号文件第三十二条规定，出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10％。公共配套设施尚未建造或尚未完工的，可按预算造价合理预提建造费用。应向政府上交但尚未上交的报批报建费用、物业完善费用可以按规定预提。第二十一条规定，企业为建造开发产品借入资金而发生的符合税收规定的借款费用，可按企业会计准则的规定进行归集和分配，其中属于财务费用性质的借款费用，可直接在税前扣除。
在土地增值税清算中，税法规定预提费用不得税前扣除，利息费用要单独计算扣除，不能重复计入开发成本中。国税发〔2006〕187号文件规定，房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。国家税务总局《关于印发的通知》（国税发〔2009〕91号）第二十七条要求，在审核利息支出时应重点关注纳税人是否将利息支出从房地产开发成本调整至开发费用。
