1、工程建设年代久远，自然毁损的程度高
我国的农田水利工程建设年代久远，大多建在上世纪的六七十年代，其服务的效率很低，不能很好的发挥其使用功能。主要表现在以下几方面：
（1）水库多为带病运行。我国许多水库均是久留下来的主要用于农田灌溉的工具，由于其年代太已久远，坝堤不能较好的起到抗洪功能，造成农民田遭受洪灾。
（2）灌溉设施的损毁，渠道淤塞较严重。由于多年长期的积累，且未经有效的清理，造成淤塞物增多。
2、水利工程管理滞后
近些年来，随着生产责任制度改革与深入，农民对集体观念比较淡薄，在水利工程上，只管用水，不愿管理与保护，并且农村水利工程施工中质量控制比较低，常常存在灌区支渠以下用水混乱，跑、漏、渗等等现象比较严重，最终造成水利工程老化失修，损毁严重。随着农村人口的不断增大，大面积的土地开垦，就会不断需要新的水源，利用地下水进行灌溉，若没有得到有效的管理，往往会导致地下水资源的浪费，农业生产受到影响，生态环境也会遭到破坏。
3、工程后续管理工作不到位
水利工程是一项比较复杂的工程，涉及的环节很多，整个工程下来需要很多的人力与物力，还需要有大量的资金投入。若完工以后，不进行有效管理则会导致很大的损害。例如很多设备在最初维修时，大部分只需要人工修理，也不需要花钱来购买零件，但若不及时进行维修，会积累很多的故障，导致最后无法维修，甚至达到必须购买新的设备，造成不必要的浪费。再就是对土建设管理不到位，则会导致渠道、涵管及输水隧洞的损坏，失去功能，对农民耕种田地产生影响。
4、忽视人才的管理
农田的水利工程建造的区域大多在偏远的乡下，因此环境很恶劣，员工的生活条件较差，若不进行适当改善待遇，就会导致人才流失，直接威胁到工程的质量。
5、维修水利资金投入不足，资金短缺
由于基层水管单位失去了水利建设资金投入的能力，造成工程运行费用的筹办基本无法进行，所以资金成了制约水利设施建设与管理的瓶颈，那么寻找新的小型农田水利设施建设模式势在必行。底层维修的组织人员要想对水利工程进行维修工作，资金拨款需要逐级申请，工序繁锁，申请成功率不高。
