l、科学管理
我们要注重小型水利工程管理，并把其当作一门科学加以重视，改变以往重建轻管的现象，注重向管理要效益。对建后形成的小型水利资产要向有关单位及时移交，并颁发产权或使用权证书，进行专业管护，因地制宜地采取适合当地社会情况以及不同工程类型的运行管护模式，使新老水利工程均能进入良性运行轨道。另外还要对中小型水利工程的配套工作要做好，使其能够效率最大化。
2、水利工程兼有经营性与公益性
农村水利工程不但有农田灌溉、水产养殖与生活供水等等一些兴利功能，而且还具有防洪、排涝与降渍以及除害减灾防治地方病等功能。依据各农村水利工程的不同特点，对功能不同的水利工程要采取相应的管理措施，以水利为主的工程，一部分要适应市场经济要求，进行有偿服务与核算成本，以及降低费用，促使工程良性运行；而另一部分有关单位要坚持不以营利为目的，要服务于广大群众，以突出水利工程的公益性。
3、要加强资金投入
小型水利工程在建设中，需要很大的工程投资，中央已明确与规定各级地方政府在水利工程建设中的财政投入责任，各级地方政府财政要以此增加工程投入。为适应水利发展要求，不但要对现有工程要进行维修与改造，还要增加新的水利基础设施建设项目。在力争使地方财政投入增加的同时，地方政府也对农村小型水利工程建设的行政要加强领导，并组织群众，努力使其积极地参与水利工程建设中来，要发挥政府资金的引导职能作用。为防止与杜绝挤占挪用农业专项资金的现象的发生，项目实施单位要及时向主管领导与相关部门汇报项目情况，与财政部门积极协调衔接，争取地方配套资金。
4、技术推广与人才培养
由于水利工程具有长期性的特点，所以对水利工程的建设规划也要有一定的发展的眼光，水利部门对管理人员的培养要引起高度重视，并采取各种形式，要搞好对管理人员的业务培训工作，切实使管理人员的业务水平提高上去；对工程建设中的新技术的推广应用工作也要做好，真正使农田水利建设与日益发展的农业生产与人民生活相适应，对现有与在建的以及正在规划建设的水利项目均能发挥其自身的效益，以造福与服务于民。
