根据《国务院办公厅印发国务院有关部门实施招标投标活动行政监督的职责分工意见的通知》，发改委指导和协调整个招投标工作，会同有关行政主管部门制定相关法规、政策，核准招标方案等；其它工业（含内贸）、水利、交通、铁道、民航、信息产业等行业项目分别由经贸、水利、交通、铁道、民航、信息产业等行政主管部门负责，各类房屋建筑及附属设施的建造和与其配套的线路、管道、设备的安装项目和市政工程项目由建设主管部门负责，进口机电设备由商务主管部门负责。
但目前实际操作过程中，房建和市政项目由建设行政主管部门主要监管，高速公路项目由省交通厅主要监管，进口机电设备由商务厅监管，部分由财政投资项目（工程除外）的货物和设备采购由采购办进行监管，其它项目和公路项目、大型工业项目等除由相应行业部门监管外，视情况发改委也进行监管，在开标过程时，纪检、监察部门也可能到场监督。
可见，尤其是一些大型项目，由于监管单位较多，可能出现监管部门间冲突和意见不一致的情况，所以在协调方面就有一定难度。
