一、内部监督管理薄弱
一部分建筑施工企业是虽然设置了独立性较强的内部审计部门,但是这类型的内部审计部门的主要工作是处理会计账目等日常业务，不具备检查功能、监督功能以及评价功能。企业的项目部门完全不重视内部审计工作，对上级提出的内部审计意见没有认真的对待。内部审计制度没有办法将其最大的价值发挥出来。
二、完善建筑施工企业内部控制建设的建议
(一)改善内控环境,提高内控制度执行力
建筑施工企业需要根据实际情况完善现代管理制度的内部组织机构设置，一般需要设置风险管理委员会、审计委员会、人力资源委员会等。建与此同时还要不断完善公司治理结构，明确企业的议事规则，不断完善健全治理主体的权利运行制度，进一步明确职责权限。在上述基础上，进一步健全企业员工绩效考核制度，将工作人员的工作积极性最大程度的激发出来。
将企业设置的内部控制制度最大程度的贯彻落实，落实到任何一个工作人员的身上，与此同时将工作人员的绩效考核跟企业内部控制工作直接挂钩，有利于进一步强化企业内部控制的执行力。使基层工作人员更深层次的认识企业的稳定、发展以及完善跟完善内部控制的直接关系。促使工作人员做好自己份内的工作，履行自己的责任以及义务，共同努力促使企业实现快速的稳定发展。
(二)增强风险防范意识
建筑施工企业风险控制的关键点的确定是企业应对风险很重要的环节，也就是说需要在实际经营活动中，掌握相应的现象，及时的分辨风险的类型。根据实际情况来不断完善风险评估系统以及风险控制系统，保证信息的快速传递，快速实现信息的共享。分析建筑施工企业的实际特征，在进行项目执行的时候需要严格的检查建设单位的信誉问题，与此同时还要调查企业的手续是否齐全、资质是否符合标准以及资金是否充足，不仅如此还要从自身施工条件出发。要做好工程分包管理工作，不可以开展违法的工程分包活动。如果是分包单位负责施工的工程就需要严格按照合同约定的规定进行。
对工程合同的管理以及签订工作需要格外的重视，与此同时还要严格的执行合同评审制度，全程监督合同的招标、合同的起草、合同的审批等，最大程度的降低合同管理形成的风险。在实际施工过程中需要组织做好相应的管理工作，不断提升施工质量以及保证施工的顺利进行，对实施过程中产生的风险要进行及时的分辨以及识别，并且根据实际情况采取有效的解决措施，将低风险带来的影响，为企业社会效益以及经济效益的安全性提供保障。
(三)强化工期成本、质量成本的控制力度
建筑施工企业应该考虑自身的实际情况，从传统的成本管理办法中脱离出来，强化控制工期成本以及质量成本，同时还要做好项目工期以及项目两者之间的成本管理，处理好两者的关系。那就要求建筑施工企业充分的分析建筑施工企业的整个流程环节。在实际工作中需要找到最佳点，最大程度的降低工期成本。建筑施工企业需要根据实际制定施工进度计划，排列各项工作的先后顺序，如果出现拖延工期的事情就需要对实际原因进行分析，并且找到最优的解决办法，跟建设单位进行有效的沟通，尽快的解决拖延工期发生的成本损耗。
与此同时还要完善全面质量管理体系，有效的协调成本控制以及质量控制两者的关系，进一步明确质量成本控制的流程环节，将质量成本控制工作最大程度的贯彻落实，同时将具体的责任落实到各个工作人员的身上，保证质量成本目标的快速实现。
(四)不断健全企业内外部监制度
建筑施工企业需要严格的按照实际需要设置内部监督部门，同时还要把项目风险的管理列为审计工作的重点工作之一。每一个工程项目都需要进行有效的跟踪审计。如果发现有问题就需要及时的制定解决策略。同时还要不断增强外部机构对建筑施工企业的监督力度，以及接受外部审计部各监督管理部门的检查以及监督。建筑施工企业需要严格健全自身的内部控制制度建设，设置相应的奖惩制度。
(五)进一步健全信息系统建设
在时代快速发展的今天，建筑施工企业需要不断加快现代化信息系统的构建，建设相应的信息应用平台，完善信息沟通的渠道、会计核算信息系统以及内部报告，同时还要严格的管理施工项目，实现办公的自动化。通过网络，各个部门可以进行随时的信息收集、信息整理以及信息传递。总之，内部控制制度的设置是建筑施工企业发展过程中不可或缺的重要部分，发挥着很重要的现实意义。
在目前的内部控制活动中还是存在很多的问题，例如：内控环境不完善，治理结构以及治理制度不符合规定、风险评价和控制机制不健全、项目成本控制活动不规范以及缺乏有效的信息沟通，所以我们需要改善内控环境,提高内控制度执行力、增强风险防范意识、强化工期成本、质量成本的控制力度、不断健全企业内外部监制度以及进一步健全信息系统建设。促使各个部门之间的进一步联系，加深部门之间的交流，实现资源的共享。总体提升内部控制的效率。
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